Zakresy specjalistyczne
Zakres specjalistyczny A
Bioinformatyka kwasów nukleinowych
Specjalizacja przygotowuje do samodzielnej pracy z danymi sekwencjonowania wysokoprzepustowego (NGS), stanowiącymi obecnie podstawę diagnostyki molekularnej, badań onkologicznych i genomiki populacyjnej. Program obejmuje pełen cykl analizy danych genomowych i transkryptomicznych.
Przedmioty specjalizacyjne:
- Genomika i transkryptomika (sem. II)
- Przetwarzanie danych NGS 1 (sem. II)
- Przetwarzanie danych NGS 2 (sem. III)
- Analiza ekspresji genów — RNA-seq i pokrewne (sem. III)
Podejmowane zagadnienia obejmują m.in.:
- technologie sekwencjonowania,
- formaty danych NGS (FASTQ, BAM, VCF) i narzędzia do ich przetwarzania,
- mapowanie odczytów, wykrywanie i adnotację wariantów (SNP, indele, warianty strukturalne),
- projektowanie i realizację potoków analitycznych,
- normalizację danych, analizę różnicowej ekspresji genów, identyfikację wariantów splicingowych,
- analizę danych epigenomicznych i metagenomicznych,
- integrację danych transkryptomicznych z danymi proteomicznymi.
Zakres specjalistyczny B
Bioinformatyka strukturalna i proteomika
Specjalizacja koncentruje się na strukturze i funkcji białek – kluczowym obszarze dla projektowania leków, inżynierii białek oraz nowoczesnej farmacji. Program obejmuje metody przewidywania struktur białkowych, analizę dynamiki molekularnej, dokowanie molekularne, wirtualny screening, proteomikę obliczeniową i in.
Przedmioty specjalizacyjne:
- Bioinformatyka strukturalna białek (sem. II)
- Proteomika obliczeniowa i adnotacja funkcjonalna białek (sem. II)
- Interakcje białek i modelowanie kompleksów (sem. III)
- Enzymologia i bioinformatyka białek wiążących (sem. III)
Podejmowane zagadnienia obejmują m.in.:
- przewidywanie struktur białkowych metodami klasycznymi i opartymi na uczeniu głębokim (AlphaFold, ESMFold),
- wizualizację i analizę struktur 3D białek,
- dokowanie molekularne białko-ligand i białko-białko,
- symulacje dynamiki molekularnej i ocenę stabilności kompleksów,
- wirtualny screening bibliotek związków chemicznych,
- identyfikację białek z danych spektrometrii masowej, analizę modyfikacji potranslacyjnych,
- adnotację funkcjonalną proteomów i analizę szlaków metabolicznych,
- enzymologię obliczeniową i inżynierię białek in silico.
Zakres specjalistyczny C
Bioinformatyka stosowana i transfer technologii
Specjalizacja łączy kompetencje techniczne z wiedzą biznesową niezbędną do komercjalizacji rozwiązań bioinformatycznych. Program obejmuje zarządzanie projektami technologiczno-badawczymi, ochronę własności intelektualnej, regulacje dotyczące wyrobów medycznych oraz budowanie produktów bioinformatycznych.
Przedmioty specjalizacyjne:
- Komercjalizacja technologii biomedycznych i bioinformatycznych (sem. II)
- Własność intelektualna w bioinformatyce i biotechnologii (sem. II)
- Zarządzanie projektami technologiczno-badawczymi (sem. III)
- Bioinformatyka jako produkt: software, platformy, usługi (sem. III)
Podejmowane zagadnienia obejmują m.in.:
- modele biznesowe firm biotechnologicznych i bioinformatycznych,
- procesy komercjalizacji technologii (technology readiness levels, due diligence, licencjonowanie),
- ochronę własności intelektualnej w kontekście bioinformatyki (patenty, prawa autorskie i in.),
- regulacje dotyczące wyrobów medycznych,
- metodyki zarządzania projektami (Agile, Scrum) w kontekście biotech i R&D,
- źródła finansowania,
- budowanie produktów bioinformatycznych — software, platform SaaS i usług analitycznych.
Program zakłada elastyczny dobór przedmiotów między specjalizacjami. W semestrze II i III studenci realizują po dwa przedmioty obowiązkowe w ramach wybranej specjalizacji oraz po dwa przedmioty obieralne, które mogą wybrać z puli przedmiotów pozostałych dwóch specjalizacji. Oznacza to, że np. student specjalizacji A (bioinformatyka kwasów nukleinowych) może uzupełnić swój profil o przedmioty z zakresu bioinformatyki strukturalnej lub transferu technologii — i odwrotnie. Łącznie student realizuje w toku studiów 8 przedmiotów specjalizacyjnych, z czego 4 obowiązkowe i 4 obieralne, co pozwala kształtować indywidualny, interdyscyplinarny profil kompetencji dostosowany do własnych planów zawodowych.
