Skład osobowy
Dr hab. inż. Adam Kuzdraliński, prof. PJATK
ORCID, LinkedIn, Google Scholar
Adam Kuzdraliński jest specjalistą w dziedzinie biotechnologii i bioinformatyki. Jego działalność naukowa skupia się na tworzeniu innowacyjnych rozwiązań w zakresie bioinformatyki, diagnostyki molekularnej oraz technologii DNA, z naciskiem na ich praktyczne wykorzystanie w różnych sektorach przemysłowych. Jest również aktywnym red teamerem współpracując z OpenAI i Anthropic.
Wybrane publikacje naukowe:
- Kuzdraliński, A. (2025). PrimeSpecPCR: Python toolkit for species-specific DNA primer design and specificity testing. SoftwareX, 31, 102249.
- Kuzdraliński, A., Miśkiewicz, M., Szczerba, H., Mazurczyk, W., Nivala, J., & Księżopolski, B. (2023). Unlocking the potential of DNA-based tagging: current market solutions and expanding horizons. Nature Communications, 14(1), 6052.
- Miśkiewicz, M., Kuzdraliński, A., Rusinek, D., & Księżopolski, B. (2019) DNA Based Cryptographic Key Storage System With a Simple and Automated Method of Primers Selection. Maria Curie-Skłodowska University Press. Selected Topics in Applied Computer Science.
- Szczerba, H., Komoń-Janczara, E., Krawczyk, M., Dudziak, K., Nowak, A., Kuzdraliński, A., … & Targoński, Z. (2020). Genome analysis of a wild rumen bacterium Enterobacter aerogenes LU2-a novel bio-based succinic acid producer. Scientific Reports, 10(1), 1986.
Wybrane projekty:
- 2018-2023: Członek zespołu projektowego: POIR.01.01.01-00-0849/17-00
- 2020-2021: Członek zespołu projektowego CSO: POIR.01.01.01-00-0627/19-00
- 2015-2019: Kierownik projektu LIDER/014/263/L-5/13/NCBR/2014
Patenty:
Autor wielu patentów (UPRP 230741, 230742, 230743, 232070, 232090, 232091, 232092, 232093, 232094, 431159, 431160, 431170, 430261, 430260), m.in. na molekularne metody wykrywania mikroorganizmów oraz nowe szczepy bakterii wykorzystywane w produkcji kwasów organicznych.
Dr n. med. Anna Wąsowska
Doktor nauk medycznych, magister biotechnologii oraz inżynier biomedyczny, specjalizująca się w zaawansowanej analizie danych sekwencjonowania nowej generacji (NGS). Z bioinformatyką związana od ponad 12 lat. Jej doświadczenie obejmuje analizę DNA, diagnostykę NGS oraz kierowanie laboratorium nieinwazyjnych prenatalnych badań genetycznych (NIPT) w firmie Genomed S.A. Realizowała liczne analizy bioinformatyczne obejmujące zagadnienia analizy mikrobiomu, ekspresji RNA oraz sekwencjonowaniem całoeksomowym (WES) i całogenomowym (WGS). Współautorka dwóch patentów i autorka jednego zgłoszenia patentowego. Posiada 7 publikacji naukowych, a jej badania były prezentowane na licznych konferencjach, zarówno krajowych, jak i międzynarodowych.
Wybrane publikacje naukowe:
- Fundus Image Deep Learning Study to Explore the Association of Retinal Morphology with Age-Related Macular Degeneration Polygenic Risk Score. Sendecki A, Ledwoń D, Tuszy A, Nycz J, Wąsowska A, Boguszewska-Chachulska A, Mitas AW, Wylęgała E, Teper S. Biomedicines. 2024 Sep 13;12(9):2092. IF: 3,9
- Association of Genetic Risk for Age-Related Macular Degeneration with Morphological Features of the Retinal Microvascular Network. Sendecki, A.; Ledwoń, D.; Tuszy, A.; Nycz, J.; Wąsowska, A.; Boguszewska-Chachulska, A.; Wylęgała, A.; Mitas, A.W.; Wylęgała, E.; Teper, S. Diagnostics. 2024; 14(7):770. IF:3.6
- Polygenic Risk Score and Rare Variant Burden Identified by Targeted Sequencing in a Group of Patients with Pigment Epithelial Detachment in Age-Related Macular Degeneration. Anna Wąsowska, Adam Sendecki, Anna Boguszewska-Chachulska, Sławomir Teper. Genes. 2023, 14(9), 1707. IF: 3.5
- Polygenic Risk Score impact on susceptibility to age-related macular degeneration in Polish patients. Anna Wąsowska, Sławomir Teper, Ewa Matczyńska, Przemysław Łyszkiewicz, Adam Sendecki, Anna Machalińska, Edward Wylęgała, Anna Boguszewska-Chachulska. J Clin Med. 2023, 12(1), 295. IF: 4.964
Projekty badawcze:
- 2015-2019: członek zespołu projektowego STRATEGMED1/234261/2/NCBR/2014
- 2016-2018: członek zespołu projektowego RPMA.01.02.00-14-6209/16
- 2013-2015: członek zespołu projektowego UDA-POIG.01.04.00-14-246/11
Patenty i zgłoszenia:
- PAT.222649: „Sposób wykrywania mutacji R2237X w obrębie genu NF1 związanej z nerwiakowłókniowatością typu I”
- PAT.227811: „Zestaw diagnostyczny i sposób jednoczesnego wykrywania mutacji w obrębie genu NF1 dla grupy pacjentów z podejrzeniem choroby Recklinghausena”
- Zgłoszenia patentowego P.445969: „Zestaw diagnostyczny do przesiewowej analizy ryzyka zachorowania na zwyrodnienie plamki związane z wiekiem u pacjentów polskiego pochodzenia”
Dr inż. Tomasz Ociepa
Tomasz Ociepa jest specjalistą w dziedzinie biotechnologii i bioinformatyki, zaangażowanym w liczne projekty badawcze związane z genomiką, transkryptomiką oraz fenomiką. Pełni rolę kierownika i wykonawcy w licznych projektach badawczych finansowanych przez instytucje takie jak: Narodowe Centrum Nauki (NCN), Narodowe Centrum Badań i Rozwoju (NCBiR) czy Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi (MRiRW). Jego głównym obszarem zainteresowań jest szeroko rozumiana analiza danych biologicznych pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji (NGS) uwzględniając metody sekwencjonowania całogenomowego – WGS (Whole Genome Sequencing), sekwencjonowania typu de novo, sekwencjonowania amplikonów oraz sekwencjonowania transkryptomu (RNA-seq). Aktualnie w swojej pracy badawczej skupia się na dokładniejszym opisaniu interakcji roślina-patogen grzybowy, bada rolę struktur niekodującego RNA w tego typu interakcjach oraz poszukuje oraz opisuje nowe źródła odporności na choroby grzybowe u roślin. Aktualnie jest współautorem 17 publikacji naukowych, 24 doniesień konferencyjnych, 2 rozdziałów w monografii naukowej oraz 2 patentów.
Wybrane publikacje naukowe:
- Ociepa T., Okoń S. Chromosomal location of Pm12—a novel powdery mildew resistance gene from Avena sterilis. Genes 2022 Vol. 13 Issue 12 Article number 2409, il., bibliogr., sum. DOI: 10.3390/genes13122409
- Ociepa T., Okoń S., Nucia A., Leśniowska-Nowak J., Paczos-Grzęda E., Bisaga M., 2020. Molecular identification and chromosomal localization of new powdery mildew resistance gene Pm11 in oat. Theor. Appl. Genet. 1–7. https://doi.org/10.1007/s00122-019-03449-3.
- Ociepa, T. (2019). The oat gene pools – review about the use of wild species in improving cultivated oat. Journal of Central European Agriculture, 20(1), 251–261. https://doi.org/10.5513/JCEA01/20.1.2044
- Okoń S.M., Ociepa T., 2018. Effectiveness of new sources of resistance against oat powdery mildew identified in A. sterilis. J. Plant Dis. Prot. 1–6.
- Okoń S., Paczos-Grzęda E., Ociepa T., Koroluk A., Sowa S., Kowalczyk K., Chrząstek M. 2016. Avena sterilis L. genotypes as a potential source of resistance to oat powdery mildew. Plant Dis., 100 (10), s. 2145-2151.
Rozdziały w monografii:
- Ociepa T., Genome sequencing as a tool for understanding microorganisms. W: Microbial genetics Boca Raton/Abingdon 2024, CRC Press, s. 61-71, 978-1-032-35841-3. DOI: 10.1201/9781003328933
- Ociepa T., Metagenomics: a road to novel microbial genes and genomes. W: Microbial genetics Boca Raton/Abingdon 2024, CRC Press, s. 52-60, 978-1-032-35841-3. DOI: 10.1201/9781003328933
Wybrane projekty badawcze:
- 2024-2027 kierownik projektu SONATA 19 pn. “Analiza wpływu oraz identyfikacja sekwencji niekodującego RNA (miRNA oraz lncRNA) w transkryptomach roślin owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), indukowana infekcją grzybów z rodzaju Blumeria oraz Puccinia.” finansowany przez Narodowe Centrum Nauki,
- 2021-2026 wykonawca projektu pn. „Opracowanie nowych narzędzi biotechnologicznych pozwalających na skuteczną ocenę odporności buraka cukrowego na pośpiechowatość oraz wybór form rodzicielskich do hodowli heterozyjnej tego gatunku” finansowany przez Ministerstwo Rolnictw i Rozwoju Wsi,
- 2016-2018 wykonawca projektu pn. „Identyfikacja i lokalizacja markerów DNA dla wybranych genów odporności na mączniaka prawdziwego w owsie zwyczajnym oraz piramidyzacja efektywnych genów odporności w genomie owsa”, finansowany przez Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi,
- 2015-2017 wykonawca projektu pn. „Identyfikacja nowych, efektywnych genów odporności na choroby grzybowe w owsie oraz opracowanie markerów DNA służących do ich identyfikacji”, finansowany przez Narodowe Centrum Badań i Rozwoju.
Patenty:
- Pat. 235114 (Para oligonukleotydowych starterów do identyfikacji oraz sposób identyfikacji allelu dominującego genu Pm9 warunkującego odporność owsa (Avena sativa L.) na mączniaka prawdziwego
- Pat. 235115 (Dwie pary oligonukleotydowych starterów do wykrywania układu alleli genu Pm9 warunkującego odporność owsa (Avena sativa L.) na mączniaka prawdziwego oraz sposób wykrywania układu alleli genu Pm9
Współpraca:
Dr Marek Miśkiewicz
ORCID, SCOPUS Author Identifier: 6701451663
Doktor w dziedzinie fizyki teoretycznej. Aktualnie pełni funkcję adiunkta w Katedrze Cyberbezpieczeństwa i Lingwistyki Komputerowej na Uniwersytecie Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie (UMCS). Jego pasją są interdyscyplinarne badania naukowe na styku informatyki i biotechnologii. W swojej pracy naukowej skupia się przede wszystkim na analizie możliwości wykorzystania DNA jako kluczowego elementu nowoczesnych systemów bezpieczeństwa. Jest badaczem specjalizującym się w zaawansowanych technologiach znakowania przedmiotów za pomocą DNA. Jego prace koncentrują się na opracowywaniu systemów łączących biotechnologię i informatykę w celu autentykacji, identyfikacji oraz ochrony własności fizycznych obiektów. Kluczowym obszarem jego badań jest tworzenie odpornych na fałszerstwa metod znakowania, które wykorzystują unikalne cechy DNA, a także rozwijanie algorytmów kryptograficznych w kontekście bezpieczeństwa danych zabezpieczonych tagami DNA. Prowadzi również badania naukowe związane z poziomem świadomości społecznej dotyczącej cyberbezpieczeństwa i wykorzystania technologii AI przez młodzież w wieku szkolnym. Jako nauczyciel akademicki prowadzący zajęcia zarówno na UMCS, PJATK oraz Akademii Leona Koźmińskiego posiada wieloletnie doświadczenie dydaktyczne. Jest również autorem licznych materiałów edukacyjnych z zakresu cyberbezpieczeństwa i kryptografii.