Skład osobowy

Dr hab. inż. Adam Kuzdraliński, prof. PJATK

Adam Kuzdraliński jest specjalistą w dziedzinie biotechnologii i bioinformatyki. Jego działalność naukowa skupia się na tworzeniu innowacyjnych rozwiązań w zakresie bioinformatyki, diagnostyki molekularnej oraz technologii DNA, z naciskiem na ich praktyczne wykorzystanie w różnych sektorach przemysłowych. Jest również aktywnym red teamerem współpracując z OpenAI i Anthropic.

Wybrane publikacje naukowe:

Kuzdraliński, A. (2025). PrimeSpecPCR: Python toolkit for species-specific DNA primer design and specificity testing. SoftwareX, 31, 102249.
Kuzdraliński, A., Miśkiewicz, M., Szczerba, H., Mazurczyk, W., Ociepa, T., Lechowski, M., & Księżopolski, B. (2025). Advancements in DNA Tagging and Storage: Techniques, Applications, and Future Implications. Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science, 15(4), e70040.
Kuzdraliński, A., Miśkiewicz, M., Szczerba, H., Mazurczyk, W., Nivala, J., & Księżopolski, B. (2023). Unlocking the potential of DNA-based tagging: current market solutions and expanding horizons. Nature Communications, 14(1), 6052.
Miśkiewicz, M., Kuzdraliński, A., Rusinek, D., & Księżopolski, B. (2019) DNA Based Cryptographic Key Storage System With a Simple and Automated Method of Primers Selection. Maria Curie-Skłodowska University Press. Selected Topics in Applied Computer Science.
Szczerba, H., Komoń-Janczara, E., Krawczyk, M., Dudziak, K., Nowak, A., Kuzdraliński, A., … & Targoński, Z. (2020). Genome analysis of a wild rumen bacterium Enterobacter aerogenes LU2-a novel bio-based succinic acid producer. Scientific Reports, 10(1), 1986.

Wybrane projekty:

2018-2023: Członek zespołu projektowego: POIR.01.01.01-00-0849/17-00
2020-2021: Członek zespołu projektowego CSO: POIR.01.01.01-00-0627/19-00
2015-2019: Kierownik projektu LIDER/014/263/L-5/13/NCBR/2014

Patenty:

Autor wielu patentów (UPRP 230741, 230742, 230743, 232070, 232090, 232091, 232092, 232093, 232094, 431159, 431160, 431170, 430261, 430260), m.in. na molekularne metody wykrywania mikroorganizmów oraz nowe szczepy bakterii wykorzystywane w produkcji kwasów organicznych.

Dr n. med. Anna Wąsowska

ORCID, Scopus ID, LinkedIn

Doktor nauk medycznych, magister biotechnologii oraz inżynier biomedyczny, specjalizująca się w zaawansowanej analizie danych sekwencjonowania nowej generacji (NGS). Z bioinformatyką związana od ponad 12 lat. Jej doświadczenie obejmuje analizę DNA, diagnostykę NGS oraz kierowanie laboratorium nieinwazyjnych prenatalnych badań genetycznych (NIPT) w firmie Genomed S.A. Realizowała liczne analizy bioinformatyczne obejmujące zagadnienia analizy mikrobiomu, ekspresji RNA oraz sekwencjonowaniem całoeksomowym (WES) i całogenomowym (WGS). Współautorka dwóch patentów i autorka jednego zgłoszenia patentowego. Posiada 7 publikacji naukowych, a jej badania były prezentowane na licznych konferencjach, zarówno krajowych, jak i międzynarodowych.

Wybrane publikacje naukowe:

Fundus Image Deep Learning Study to Explore the Association of Retinal Morphology with Age-Related Macular Degeneration Polygenic Risk Score. Sendecki A, Ledwoń D, Tuszy A, Nycz J, Wąsowska A, Boguszewska-Chachulska A, Mitas AW, Wylęgała E, Teper S. Biomedicines. 2024 Sep 13;12(9):2092. IF: 3,9
Association of Genetic Risk for Age-Related Macular Degeneration with Morphological Features of the Retinal Microvascular Network. Sendecki, A.; Ledwoń, D.; Tuszy, A.; Nycz, J.; Wąsowska, A.; Boguszewska-Chachulska, A.; Wylęgała, A.; Mitas, A.W.; Wylęgała, E.; Teper, S. Diagnostics. 2024; 14(7):770. IF:3.6
Polygenic Risk Score and Rare Variant Burden Identified by Targeted Sequencing in a Group of Patients with Pigment Epithelial Detachment in Age-Related Macular Degeneration. Anna Wąsowska, Adam Sendecki, Anna Boguszewska-Chachulska, Sławomir Teper. Genes. 2023, 14(9), 1707. IF: 3.5
Polygenic Risk Score impact on susceptibility to age-related macular degeneration in Polish patients. Anna Wąsowska, Sławomir Teper, Ewa Matczyńska, Przemysław Łyszkiewicz, Adam Sendecki, Anna Machalińska, Edward Wylęgała, Anna Boguszewska-Chachulska. J Clin Med. 2023, 12(1), 295. IF: 4.964

Projekty badawcze:

2015-2019: członek zespołu projektowego STRATEGMED1/234261/2/NCBR/2014
2016-2018: członek zespołu projektowego RPMA.01.02.00-14-6209/16
2013-2015: członek zespołu projektowego UDA-POIG.01.04.00-14-246/11

Patenty i zgłoszenia:

PAT.222649: „Sposób wykrywania mutacji R2237X w obrębie genu NF1 związanej z nerwiakowłókniowatością typu I”
PAT.227811: „Zestaw diagnostyczny i sposób jednoczesnego wykrywania mutacji w obrębie genu NF1 dla grupy pacjentów z podejrzeniem choroby Recklinghausena”
Zgłoszenia patentowego P.445969: „Zestaw diagnostyczny do przesiewowej analizy ryzyka zachorowania na zwyrodnienie plamki związane z wiekiem u pacjentów polskiego pochodzenia”

Dr inż. Tomasz Ociepa

ORCID, Scopus ID, LinkedIn

Tomasz Ociepa jest specjalistą w dziedzinie biotechnologii i bioinformatyki, zaangażowanym w liczne projekty badawcze związane z genomiką, transkryptomiką oraz fenomiką. Pełni rolę kierownika i wykonawcy w licznych projektach badawczych finansowanych przez instytucje takie jak: Narodowe Centrum Nauki (NCN), Narodowe Centrum Badań i Rozwoju (NCBiR) czy Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi (MRiRW). Jego głównym obszarem zainteresowań jest szeroko rozumiana analiza danych biologicznych pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji (NGS) uwzględniając metody sekwencjonowania całogenomowego – WGS (Whole Genome Sequencing), sekwencjonowania typu de novo, sekwencjonowania amplikonów oraz sekwencjonowania transkryptomu (RNA-seq). Aktualnie w swojej pracy badawczej skupia się na dokładniejszym opisaniu interakcji roślina-patogen grzybowy, bada rolę struktur niekodującego RNA w tego typu interakcjach oraz poszukuje oraz opisuje nowe źródła odporności na choroby grzybowe u roślin. Aktualnie jest współautorem 17 publikacji naukowych, 24 doniesień konferencyjnych, 2 rozdziałów w monografii naukowej oraz 2 patentów.

Wybrane publikacje naukowe:

Ociepa T., Okoń S. Chromosomal location of Pm12—a novel powdery mildew resistance gene from Avena sterilis. Genes 2022 Vol. 13 Issue 12 Article number 2409, il., bibliogr., sum. DOI: 10.3390/genes13122409
Ociepa T., Okoń S., Nucia A., Leśniowska-Nowak J., Paczos-Grzęda E., Bisaga M., 2020. Molecular identification and chromosomal localization of new powdery mildew resistance gene Pm11 in oat. Theor. Appl. Genet. 1–7. https://doi.org/10.1007/s00122-019-03449-3.
Ociepa, T. (2019). The oat gene pools – review about the use of wild species in improving cultivated oat. Journal of Central European Agriculture, 20(1), 251–261. https://doi.org/10.5513/JCEA01/20.1.2044
Okoń S.M., Ociepa T., 2018. Effectiveness of new sources of resistance against oat powdery mildew identified in A. sterilis. J. Plant Dis. Prot. 1–6.
Okoń S., Paczos-Grzęda E., Ociepa T., Koroluk A., Sowa S., Kowalczyk K., Chrząstek M. 2016. Avena sterilis L. genotypes as a potential source of resistance to oat powdery mildew. Plant Dis., 100 (10), s. 2145-2151.

Rozdziały w monografii:

Ociepa T., Genome sequencing as a tool for understanding microorganisms. W: Microbial genetics Boca Raton/Abingdon 2024, CRC Press, s. 61-71, 978-1-032-35841-3. DOI: 10.1201/9781003328933
Ociepa T., Metagenomics: a road to novel microbial genes and genomes. W: Microbial genetics Boca Raton/Abingdon 2024, CRC Press, s. 52-60, 978-1-032-35841-3. DOI: 10.1201/9781003328933

Wybrane projekty badawcze:

2024-2027 kierownik projektu SONATA 19 pn. “Analiza wpływu oraz identyfikacja sekwencji niekodującego RNA (miRNA oraz lncRNA) w transkryptomach roślin owsa zwyczajnego (Avena sativa L.), indukowana infekcją grzybów z rodzaju Blumeria oraz Puccinia.” finansowany przez Narodowe Centrum Nauki,
2021-2026 wykonawca projektu pn. „Opracowanie nowych narzędzi biotechnologicznych pozwalających na skuteczną ocenę odporności buraka cukrowego na pośpiechowatość oraz wybór form rodzicielskich do hodowli heterozyjnej tego gatunku” finansowany przez Ministerstwo Rolnictw i Rozwoju Wsi,
2016-2018 wykonawca projektu pn. „Identyfikacja i lokalizacja markerów DNA dla wybranych genów odporności na mączniaka prawdziwego w owsie zwyczajnym oraz piramidyzacja efektywnych genów odporności w genomie owsa”, finansowany przez Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi,
2015-2017 wykonawca projektu pn. „Identyfikacja nowych, efektywnych genów odporności na choroby grzybowe w owsie oraz opracowanie markerów DNA służących do ich identyfikacji”, finansowany przez Narodowe Centrum Badań i Rozwoju.

Patenty:

Pat. 235114 (Para oligonukleotydowych starterów do identyfikacji oraz sposób identyfikacji allelu dominującego genu Pm9 warunkującego odporność owsa (Avena sativa L.) na mączniaka prawdziwego
Pat. 235115 (Dwie pary oligonukleotydowych starterów do wykrywania układu alleli genu Pm9 warunkującego odporność owsa (Avena sativa L.) na mączniaka prawdziwego oraz sposób wykrywania układu alleli genu Pm9

Dr inż. Agata Raczyńska

ORCID, LinkedIn

dr inż. Agata Raczyńska – absolwentka podwójnego polsko-francuskiego doktoratu w dziedzinie nauk chemicznych oraz inżynierii mikroorganizmów i enzymów , specjalizująca się w analizie białek z wykorzystaniem metod chemoinformatycznych. Z wykształcenia bioinformatyk, posiada doświadczenie w projektowaniu białek, symulacjach dynamiki molekularnej, dokowaniu molekularnym i analizie ewolucyjnej. Autorka i współautorka 15 publikacji naukowych, prezentowała swoje wyniki na licznych konferencjach. Współtwórczyni oprogramowania do analizy przepływu cząsteczek przez makromolekuły (AQUA-DUCT), pakietu R do analizy ewolucyjnej białek (BALCONY) oraz serwera webowego do tworzenia trójwymiarowych fragmentów polimerów syntetycznych (PUR-GEN). Posiada doświadczenie w prowadzeniu projektów badawczych i efektywnej współpracy w interdyscyplinarnych, międzynarodowych zespołach.

Wybrane publikacje naukowe:

Raczyńska, A., Góra, A., & André, I. (2024). An overview on polyurethane-degrading enzymes. Biotechnology Advances, 77, 108439. (https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2024.108439)
Szleper, K., Cebula, M., Kovalenko, O., Góra, A., & Raczyńska, A. (2025). PUR-GEN: A web server for automated generation of polyurethane fragment libraries. Computational and Structural Biotechnology Journal, 27, 127–136. (https://doi.org/10.1016/j.csbj.2024.12.004)
Raczyńska, A., Kapica, P., Papaj, K., Stańczak, A., Shyntum, D., Spychalska, P., Byczek-Wyrostek, A., & Góra, A. (2023). Transient binding sites at the surface of haloalkane dehalogenase LinB as locations for fine-tuning enzymatic activity. PLoS ONE, 18(2), e0280776. (https://doi.org/10.1371/journal.pone.0280776)
Bzówka, M., Mitusińska, K., Raczyńska, A., Skalski, T., Samol, A., Bagrowska, W., Magdziarz, T., & Góra, A. (2022). Evolution of tunnels in α/β-hydrolase fold proteins – what can we learn from studying epoxide hydrolases? PLoS Computational Biology, 18(5), e1010119. (https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1010119)
Bzówka, M., Mitusińska, K., Raczyńska, A., Samol, A., Tuszyński, J., & Góra, A. (2020). Structural and evolutionary analysis indicate that the SARS-CoV-2 Mpro is a challenging target for small-molecule inhibitor design. International Journal of Molecular Sciences, 21(9), 3099. (https://doi.org/10.3390/ijms21093099)
Magdziarz, T., Mitusińska, K., Bzówka, M., Raczyńska, A., Stańczak, A., Banas, M., Bagrowska, W., & Góra, A. (2020). AQUA-DUCT 1.0: Structural and functional analysis of macromolecules from an intramolecular voids perspective. Bioinformatics.
Płuciennik, A., Stolarczyk, M., Bzówka, M., Raczyńska, A., Magdziarz, T., & Góra, A. (2018). BALCONY: An R package for MSA and functional compartments of protein variability analysis. BMC Bioinformatics, 19(1), 300. (https://doi.org/10.1186/s12859-018-2294-z)

Projekty badawcze:

2020–2024: kierownik i główny wykonawca projektu w programie Diamentowy Grant, Politechnika Śląska (no. 0169/DIA/2020/49),
2025: wykonawca w projekcie projekt EIC/Horizon Europe „Teaching Lytic Polysaccharide Monooxygenases to do Cytochrome P450 Catalysis” (DOI: 10.3030/101046815),
2016-2020: wykonawca w Role of the gates and anchoring residues in enzymes activity and selectivity (no. 2013/10/E/NZ1/00649),
2016-2020: wykonawca w Reversible modification of enzyme activity and substrate specificity by engineering of the ligand exchange pathways (no. 2015/18/M/NZ1/00427).

Dr inż. Mariusz Jednoralski

Doktor nauk technicznych w dyscyplinie informatyka, specjalizujący się w obszarze sztucznej inteligencji. Jego rozprawa doktorska koncentrowała się na wykorzystaniu uczenia ze wzmocnieniem (Reinforcement Learning) w optymalizacji szeregowania pakietów sieci informatycznych. Jako doświadczony lider R&D, naukowiec i project manager, od ponad dwóch dekad łączy głęboką wiedzę akademicką z praktycznymi wdrożeniami technologicznymi, przeprowadzając projekty od fazy koncepcyjnej po pełną implementację rynkową. W swojej pracy badawczo-rozwojowej skupia się na budowaniu pomostu między teorią a praktycznym zastosowaniem zaawansowanych algorytmów. Jego ekspertyza obejmuje szerokie spektrum AI, ze szczególnym uwzględnieniem dużych modeli językowych (LLM). Posiada bogate doświadczenie w projektowaniu systemów predykcyjnych dla przemysłu, w tym rozwiązań do prognozowania generacji energii oraz estymacji czasu eksploatacji (RUL) komponentów technicznych. Obecnie jego aktywność naukowa koncentruje się na adaptacji najnowocześniejszych architektur do rozwiązywania złożonych problemów obliczeniowych w medycynie. Pracuje nad metodami wykrywania mechanizmów oporności na leki poprzez identyfikację krytycznych podgrafów w wielowarstwowych sieciach biologicznych. Wykorzystując architekturę transformerową oraz mechanizmy Neural Architecture Search (NAS) dąży do odkrycia optymalnych konfiguracji sieci dla zróżnicowanych danych omicznych (transkryptomika, proteomika).

Wybrane publikacje naukowe:

Jednoralski, M., & Kacprzak, T. (2005). Use of Modified Adaptive Heuristic Critic Algorithm for Novel Scheduling Mechanism in Packet-Switched Networks. Studia Informatica. System and information technology, 6(2), 21-34.

Współpraca:

Dr Marek Miśkiewicz

ORCID, SCOPUS Author Identifier: 6701451663

Doktor w dziedzinie fizyki teoretycznej. Aktualnie pełni funkcję adiunkta w Katedrze Cyberbezpieczeństwa i Lingwistyki Komputerowej na Uniwersytecie Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie (UMCS). Jego pasją są interdyscyplinarne badania naukowe na styku informatyki i biotechnologii. W swojej pracy naukowej skupia się przede wszystkim na analizie możliwości wykorzystania DNA jako kluczowego elementu nowoczesnych systemów bezpieczeństwa. Jest badaczem specjalizującym się w zaawansowanych technologiach znakowania przedmiotów za pomocą DNA. Jego prace koncentrują się na opracowywaniu systemów łączących biotechnologię i informatykę w celu autentykacji, identyfikacji oraz ochrony własności fizycznych obiektów. Kluczowym obszarem jego badań jest tworzenie odpornych na fałszerstwa metod znakowania, które wykorzystują unikalne cechy DNA, a także rozwijanie algorytmów kryptograficznych w kontekście bezpieczeństwa danych zabezpieczonych tagami DNA. Prowadzi również badania naukowe związane z poziomem świadomości społecznej dotyczącej cyberbezpieczeństwa i wykorzystania technologii AI przez młodzież w wieku szkolnym. Jako nauczyciel akademicki prowadzący zajęcia zarówno na UMCS, PJATK oraz Akademii Leona Koźmińskiego posiada wieloletnie doświadczenie dydaktyczne. Jest również autorem licznych materiałów edukacyjnych z zakresu cyberbezpieczeństwa i kryptografii.