Katedra
Katedra Bioinformatyki to jednostka naukowo-dydaktyczna, której misją jest integracja zaawansowanych technik informatycznych z wiedzą z zakresu biologii i chemii. Katedra koncentruje się na prowadzeniu badań naukowych oraz działalności edukacyjnej w obszarach, które w szczególności łączą informatykę z biologią syntetyczną, biotechnologią, genomiką strukturalną, medycyną i modelowaniem molekularnym.
Pracownicy Katedry współpracują m.in. z czołowymi spółkami technologicznymi, jak OpenAI, Anthropic.
Katedra Bioinformatyki dysponuje nowoczesnym laboratorium biologii molekularnej, wyposażonym w zaawansowane urządzenia do analizy kwasów nukleinowych. Nasze laboratorium umożliwia: ekstrakcję DNA, syntezę DNA na chipie, amplifikację DNA (PCR, qPCR), sekwencjonowanie nanoporowe.
Aktualnie realizujemy szereg zadań badawczych, w tym m.in.:
1. DNA Tagging i DNA Computing: Badania nad wykorzystaniem DNA w zaawansowanych systemach informacyjnych i obliczeniowych.
2. Opracowanie nowego algorytmu kodowania danych w DNA: multidyscyplinarny projekt integrujący informatykę z biologią molekularną, mający na celu opracowanie algorytmów zwiększających gęstość przechowywania danych w DNA oraz zapewniających wysoką trwałość i efektywność odczytu informacji z polimerów kwasów nukleinowych.
3. Analiza genomów w kontekście diagnostyki i terapii chorób genetycznych oraz w kontekście fenotypowania mikroorganizmów.
4. Analiza danych biologicznych z wykorzystaniem najnowszych narzędzi data science.
Skład osobowy Katedry:
- Dr hab. inż. Adam Kuzdraliński, prof. PJATK, Kierownik Katedry – biotechnolog i bioinformatyk z doświadczeniem w interdyscyplinarnych badaniach naukowych oraz przedsiębiorczości. Współautor licznych publikacji naukowych, patentów oraz technologii. Współpracuje z OpenAI oraz Anthropic. Twórca startupów technologicznych.
- Dr n. med. Anna Wąsowska, adiunkt – wieloletni pracownik Genomed S.A oraz Alab, specjalistka w zaawansowanej analizie danych z sekwencjonowania nowej generacji (NGS), współautorka patentów oraz licznych publikacji naukowych prezentowanych na konferencjach międzynarodowych.
- Dr inż. Tomasz Ociepa, adiunkt – specjalista w dziedzinie bioinformatyki, wiedzę zdobywał na Uniwersytecie Jagiellońskim, Uniwersytecie Warszawskim (Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego). Kieruje oraz uczestniczy w projektach biotechnologicznych związanych m.in. z NGS, genotypowaniem oraz wielkoskalową analizą danych biologicznych. Współpracuje z Anthropic.
- Dr Jakub Jakowiecki, adiunkt – wiedzę zdobywał na Uniwersytecie Warszawskim, ekspert w dziedzinie modelowania molekularnego, autor metod symulacji wiązania ligandów z receptorami GPCR. Brał udział w licznych projektach badawczych, w tym w trzyletnim badaniu γ-sekretazy (NCN OPUS).
- Mgr Maciej Dzikowski, doktorant – absolwent Bioinformatyki i Biologii Systemów na Uniwersytecie Warszawskim, programista i inżynier danych. Posiada doświadczenie w pracy badawczej nad sekwencjami niskozłożonymi oraz macierzami substytucji, realizowanej w ramach grantu NCN OPUS.
