Na łamach czasopisma SoftwareX ukazał się nowy artykuł pt. „PrimeSpecPCR: Python toolkit for species-specific DNA primer design and specificity testing”, którego autorem jest dr hab. inż. Adam Kuzdraliński z Katedry Bioinformatyki. Publikacja przedstawia narzędzie wspierające projektowanie par starterów PCR specyficznych dla wybranych gatunków oraz weryfikację ich specyficzności w warunkach in silico.
PrimeSpecPCR to w otwarto-źródłowe oprogramowanie napisane w języku Python, które automatyzuje proces – od pobierania sekwencji z publicznych baz NCBI, po generowanie propozycji starterów z wykorzystaniem Primer3-py oraz analizę potencjalnych nieswoistych miejsc amplifikacji w szerokim kontekście dostępnych zasobów genetycznych. Dzięki modułowej architekturze narzędzie jest łatwe w instalacji i dostosowaniu do indywidualnych potrzeb, ale też zapewnia powtarzalność i logowanie każdego etapu analizy.
Zastosowania PrimeSpecPCR obejmują szeroki zakres badań biologicznych. Narzędzie sprawdzi się zarówno przy identyfikacji gatunków w badaniach ekologicznych i monitoringu eDNA, jak i w diagnostyce molekularnej laboratoriów mikrobiologicznych czy medycznych. Może być również wykorzystywane w badaniach filogenetycznych oraz w epidemiologii do szybkiego wykrywania patogenów, a także w zastosowaniach, gdzie kluczowa jest specyficzna detekcja zagrożeń biologicznych.
Kod źródłowy PrimeSpecPCR jest dostępny na platformie GitHub pod licencją MIT, co umożliwia dowolne wykorzystanie, modyfikowanie i rozbudowę narzędzia. W repozytorium znaleźć można dokumentację, przykładowe dane testowe oraz instrukcje instalacji krok po kroku.
